DICOM

在 Ubuntu 12.04 上安裝支援 openjp2 的 ImageMagick

ImageMagick 是一套很熱門的影像處理套件,最近在試做 OCR 的時候也會用到,不過在我的開發機 Mac 上透過 Homebrew 可以輕易安裝(要支援 Jpeg 2000 壓縮的話,安裝時需加上 –with-jp2 參數),用起來也沒什麼問題,但一轉移到 Production 機(Ubuntu 12.04 LTS)就出現大小問題,實在討厭,其中第一個就是沒辦法支援 Jpeg 2000 壓縮。

ImageMagick 在 Ubuntu 12.04 下無法轉換 DICOM 檔

最近在試著用 Tesseract 來做 DICOM 影像的 OCR,身為 Ruby 的愛好者,先去找了 RTesseract 這個 gem 來用,裡面已經把 RMagick (ImageMagick 的 ruby wrapper) 也整合好了,其實還算方便,不過問題在於,我在 Mac 上測試好的程式放到 Ubuntu 12.04 上去跑就是會有問題,拆解元件、交叉測試後發現應該是 ImageMagick 惹的禍: $ convert spg.dcm spg.jpg convert: memory allocation failed `spg.dcm’ @ error/dcm.c/ReadDCMImage/3502. convert: missing an image…

讓 Ruby Dicom 可以轉換部分以 Jpeg 2000 壓縮的影像

最近試著要用 ruby-dicom gem 來處理 DICOM 影像,理論上把 DICOM 檔讀進來後,用 image method 就可以把像素的部分抽取出來調整,但卻遇到下面的問題: WARN — DICOM: Decompressing pixel values has failed (unsupported transfer syntax: ‘1.2.840.10008.1.2.4.91’ – JPEG 2000 Image Compression)WARN — DICOM: Decompressing pixel values has failed (unsupported transfer syntax: ‘1.2.840.10008.1.2.4.91’ -…

Dicom SR Parser For Sonography

趁著主任出國開會的空擋 (XD),把這個功能完成了個大概。 之所以會想做這個,其實也是想要省那一點點的時間,每次在打肚子 sono 報告時,總是會需要手工抄一些數據(雖然可能有人不認同這種報告樣式),例如左右兩邊 kidney 的長度、spleen 長度、prostate size …,其實這些量測性和計算性的資料會被 DICOM Structured Report (SR) 儲存起來,所以只要能解讀出這些欄位,就可以自動幫我填上這些資料。 其實目前報告系統中也有提供類似的功能,但那奇怪的結構實在不和我的胃口,只好「自己報告自己救」了。