去年換工作前從之前的醫院那備份了不少教學用的 dicom 影像檔，想說可以拿來教學用，但不知是什麼原因，格式是錯的，不論是 OsiriX/Horos, dcmtk 通通無法正確 parse，無法 import 進 PACS，一直無法解決，但比較奇怪的是，有一些檔案還是正常的，殘餘可用的教學檔就這麼撐了一年多。
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DICOM
透過 RIS 直接在 OsiriX 中打開 PACS 影像
OsiriX 是一套 Mac 平台上知名的 DICOM viewer / PACS workstation，最早以 open source 免費使用闖出名號，雖然現在正式的版本要收費，但還有 Lite 版可以免費使用（MD 和 Lite 的比較）。它從 3.0 版以後提供一種稱為 XML-RPC 的機制讓外界可以和他溝通，主要的目的當然是和 Radiology Information System (RIS) 整合，打開內建的 web server 後再搭配接收特定的 xml 內容，可以讓 RIS 呼叫它來進行某些動作。
在 Ubuntu 12.04 上安裝支援 openjp2 的 ImageMagick
ImageMagick 是一套很熱門的影像處理套件，最近在試做 OCR 的時候也會用到，不過在我的開發機 Mac 上透過 Homebrew 可以輕易安裝（要支援 Jpeg 2000 壓縮的話，安裝時需加上 --with-jp2 參數），用起來也沒什麼問題，但一轉移到 Production 機（Ubuntu 12.04 LTS）就出現大小問題，實在討厭，其中第一個就是沒辦法支援 Jpeg 2000 壓縮。
ImageMagick 在 Ubuntu 12.04 下無法轉換 DICOM 檔
最近在試著用 Tesseract 來做 DICOM 影像的 OCR，身為 Ruby 的愛好者，先去找了 RTesseract 這個 gem 來用，裡面已經把 RMagick (ImageMagick 的 ruby wrapper) 也整合好了，其實還算方便，不過問題在於，我在 Mac 上測試好的程式放到 Ubuntu 12.04 上去跑就是會有問題，拆解元件、交叉測試後發現應該是 ImageMagick 惹的禍：
$ convert spg.dcm spg.jpg
convert: memory allocation failed `spg.dcm' @ error/dcm.c/ReadDCMImage/3502.
convert: missing an image filename `spg.jpg' @ error/convert.c/ConvertImageCommand/3011.
讓 Ruby Dicom 可以轉換部分以 Jpeg 2000 壓縮的影像
最近試著要用 ruby-dicom gem 來處理 DICOM 影像，理論上把 DICOM 檔讀進來後，用 image method 就可以把像素的部分抽取出來調整，但卻遇到下面的問題：
WARN -- DICOM: Decompressing pixel values has failed (unsupported transfer syntax: '1.2.840.10008.1.2.4.91' - JPEG 2000 Image Compression)
在 SmartWonder 中帶入 DICOM SR 資料的介紹影片
關於怎麼利用 DICOM SR 的資料來打報告，一個多禮拜前已經完成這個功能了，不過因為使用不是那麼容易，所以只寫了一篇 blog 做記錄，本來也不打算宣傳的，但最近練習做影片實在有點做上癮，還是玩了一下。