上台報告要 show CT/MRI/angio 影像，簡單一點的是抓出 key image，直接貼在 slides 裡，缺點是沒有動感。如果要讓畫面動起來，可以把影像組成 GIF 動畫，直接貼在 slides 裡，缺點是沒辦法調整動畫的速度，也不能暫停播放；如果是用傳統簡報軟體，可以把動畫做成影片檔嵌入，可以透過底下的播放控制項來控制，但我現在都是用 Google Slides，就要把影片上傳至 YouTube 才能嵌入，而 YouTube 在拉時間軸的時候，畫面會暗掉，體驗非常不好。
ChatGPT 給的建議是利用 Google Apps Script (GAS) 寫一個小工具來控制影像顯示，他也給了我一些範圍程式碼，但這個方法非常麻煩，必須在投影片裡貼入大量影像，先複製貼上、再手動調整大小、對齊，嘗試了一下，還沒做完一組影像就瘋掉直接放棄。
另一個建議是用 HTML5 Viewer，把影像連結嵌入就可以在投影片中打開影像瀏覽器，好處是可以模擬平時在 PACS 上滾片的模式來 present，想滾多少滾多少，cine 播多快也可以控制。
幾年前在亞東為了教學也曾經架過 mini PACS (Orthanc + OHIF viewer + nginx proxy)，但那時的電腦已經汰換，設定檔也已經找不到，而且這麼多年程式版本更新了說不定也不見得合用，所以乾脆全部重來。本來以為改用 Docker、由 ChatGPT 幫忙除錯，應該可以快速搭建，但也沒有想像中順利，記錄一下過程，或許以後有機會再用到。
以下是在 M1 macOS 15.3.1 下進行，要先安裝好 mac 版的 Docker Desktop。
開一個專用的目錄 pacs 有以下檔案和目錄：
pacs/
├── docker-compose.yml
├── nginx.conf
├── ofig.conf.js
├── orthanc-db/
└── orthanc.conf.json
目錄 orthanc-db/ 是本機上存影像的資料庫，之後要掛進 docker image 裡。
以下是 docker-compose.yml 內容：
services:
orthanc:
#image: jodogne/orthanc-plugins # 先前版本
image: orthancteam/orthanc:25.2.0
container_name: orthanc
restart: unless-stopped
ports:
#- "4242:4242" # DICOM 通訊埠，只用 Web 介面就不用開
- "8042:8042" # Orthanc Web 介面
environment:
VERBOSE_STARTUP: "true" # 比較方便除錯
#VERBOSE_ENABLED: "true"
DICOM_WEB_PLUGIN_ENABLED: "true" # 用 environment 開或在設定檔開都可以
secrets:
- orthanc.conf.json # 設定檔
volumes:
- ./orthanc-db:/var/lib/orthanc/db # 儲存 DICOM 檔案
networks:
- orthanc-net
nginx:
image: nginx:1.27.4-alpine
container_name: nginx
restart: unless-stopped
ports:
- "8080:80" # Nginx 代理的端口
volumes:
- ./nginx.conf:/etc/nginx/nginx.conf:ro # 設定檔
depends_on:
- orthanc
networks:
- orthanc-net
ohif:
image: ohif/app:v3.9.3
platform: linux/amd64 # 因在 apple silicon 下跑，而 image 沒有 arm 的版本
container_name: ohif
restart: unless-stopped
ports:
- "3000:80"
volumes:
- ./ohif.conf.js:/usr/share/nginx/html/app-config.js:ro # 掛載設定檔 (唯讀)
depends_on:
- orthanc
networks:
- orthanc-net
secrets:
orthanc.conf.json:
file: orthanc.conf.json
networks:
orthanc-net:
Orthanc 的 image 早期好像會推薦 jodogne 包的，它又有分 jodogne/orthanc 和 jodogne/orthanc-plugins 兩種，如果要能透過 DICOMweb 抓資料，要選 orthanc-plugins 的 image，但現在基本上都推薦用官方包的 orthancteam/orthanc，除了比較新，plugin 也都有包進去，而且可以用 environment 來開關 plugin 功能，更方便。
不過官方的 image 比起 jodogne 的就肥不少：
REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE
orthancteam/orthanc latest fc52a4a369a4 8 days ago 3.03GB
jodogne/orthanc-plugins latest 27be55e619be 4 weeks ago 723MB
Orthanc 的設定檔 `orthanc.conf.json` 如下，主要是改掉預設的帳號密碼 orthanc/orthanc，不然會一直跳出警告訊息。
{
"Name": "Orthanc",
"AuthenticationEnabled": true,
"RegisteredUsers": {
"ohif": "orthanc"
},
"RemoteAccessAllowed": true
}
OHIF 的設定檔 `ohif.conf.js` 如下，是從 source code 裡 copy 出來改的，主要是把 Orthanc 的 DICOMweb url 設定正確，因為要透過 nginx reverse proxy，所以 port 不是 8042 而是 8080。
window.config = {
routerBasename: '/',
extensions: [],
modes: [],
showStudyList: true,
maxNumberOfWebWorkers: 3,
showLoadingIndicator: true,
showWarningMessageForCrossOrigin: true,
showCPUFallbackMessage: true,
strictZSpacingForVolumeViewport: true,
// filterQueryParam: false,
defaultDataSourceName: 'orthanc',
investigationalUseDialog: {
option: 'never',
},
experimentalStudyBrowserSort: true,
dataSources: [
{
namespace: '@ohif/extension-default.dataSourcesModule.dicomweb',
sourceName: 'orthanc',
configuration: {
friendlyName: 'local Orthanc DICOMWeb Server',
name: 'DCM4CHEE',
wadoUriRoot: 'http://localhost:8080/dicom-web',
qidoRoot: 'http://localhost:8080/dicom-web',
wadoRoot: 'http://localhost:8080/dicom-web',
qidoSupportsIncludeField: true,
supportsReject: true,
dicomUploadEnabled: true,
imageRendering: 'wadors',
thumbnailRendering: 'wadors',
enableStudyLazyLoad: true,
supportsFuzzyMatching: true,
supportsWildcard: true,
omitQuotationForMultipartRequest: true,
bulkDataURI: {
enabled: true,
// This is an example config that can be used to fix the retrieve URL
// where it has the wrong prefix (eg a canned prefix). It is better to
// just use the correct prefix out of the box, but that is sometimes hard
// when URLs go through several systems.
// Example URLS are:
// "BulkDataURI" : "http://localhost/dicom-web/studies/1.2.276.0.7230010.3.1.2.2344313775.14992.1458058363.6979/series/1.2.276.0.7230010.3.1.3.1901948703.36080.1484835349.617/instances/1.2.276.0.7230010.3.1.4.1901948703.36080.1484835349.618/bulk/00420011",
// when running on http://localhost:3003 with no server running on localhost. This can be corrected to:
// /orthanc/dicom-web/studies/1.2.276.0.7230010.3.1.2.2344313775.14992.1458058363.6979/series/1.2.276.0.7230010.3.1.3.1901948703.36080.1484835349.617/instances/1.2.276.0.7230010.3.1.4.1901948703.36080.1484835349.618/bulk/00420011
// which is a valid relative URL, and will result in using the http://localhost:3003/orthanc/.... path
// startsWith: 'http://localhost/',
// prefixWith: '/orthanc/',
},
},
},
],
hotkeys: [
{
commandName: 'incrementActiveViewport',
label: 'Next Viewport',
keys: ['right'],
},
{
commandName: 'decrementActiveViewport',
label: 'Previous Viewport',
keys: ['left'],
},
{ commandName: 'rotateViewportCW', label: 'Rotate Right', keys: ['r'] },
{ commandName: 'rotateViewportCCW', label: 'Rotate Left', keys: ['l'] },
{ commandName: 'invertViewport', label: 'Invert', keys: ['i'] },
{
commandName: 'flipViewportVertical',
label: 'Flip Horizontally',
keys: ['h'],
},
{
commandName: 'flipViewportHorizontal',
label: 'Flip Vertically',
keys: ['v'],
},
{ commandName: 'scaleUpViewport', label: 'Zoom In', keys: ['+'] },
{ commandName: 'scaleDownViewport', label: 'Zoom Out', keys: ['-'] },
{ commandName: 'fitViewportToWindow', label: 'Zoom to Fit', keys: ['='] },
{ commandName: 'resetViewport', label: 'Reset', keys: ['space'] },
{ commandName: 'nextImage', label: 'Next Image', keys: ['down'] },
{ commandName: 'previousImage', label: 'Previous Image', keys: ['up'] },
{
commandName: 'previousViewportDisplaySet',
label: 'Previous Series',
keys: ['.'],
},
{
commandName: 'nextViewportDisplaySet',
label: 'Next Series',
keys: [','],
},
{ commandName: 'setZoomTool', label: 'Zoom', keys: ['z'] },
// ~ Window level presets
{
commandName: 'windowLevelPreset1',
label: 'W/L Preset 1',
keys: ['1'],
},
{
commandName: 'windowLevelPreset2',
label: 'W/L Preset 2',
keys: ['2'],
},
{
commandName: 'windowLevelPreset3',
label: 'W/L Preset 3',
keys: ['3'],
},
{
commandName: 'windowLevelPreset4',
label: 'W/L Preset 4',
keys: ['4'],
},
{
commandName: 'windowLevelPreset5',
label: 'W/L Preset 5',
keys: ['5'],
},
{
commandName: 'windowLevelPreset6',
label: 'W/L Preset 6',
keys: ['6'],
},
{
commandName: 'windowLevelPreset7',
label: 'W/L Preset 7',
keys: ['7'],
},
{
commandName: 'windowLevelPreset8',
label: 'W/L Preset 8',
keys: ['8'],
},
{
commandName: 'windowLevelPreset9',
label: 'W/L Preset 9',
keys: ['9'],
},
],
};
其中這行設定是預設沒有的，加了這個可以把 viewer 底下提示僅供研究用的對話框隱藏。
investigationalUseDialog: {
option: 'never',
},
之所以要搭一個 nginx 的 reverse proxy 是要處理 CORS 的問題，而且也要把 Orthanc 的 basic authentication 轉過去，不然 OHIF 沒辦法正確顯示影像。
events {}
http {
server {
listen 80;
# 處理 CORS 設定
add_header Access-Control-Allow-Origin *;
add_header Access-Control-Allow-Methods 'GET, POST, OPTIONS';
add_header Access-Control-Allow-Headers 'Content-Type, Authorization';
# 如果是 OPTIONS 請求，直接返回 200
if ($request_method = OPTIONS) {
return 200;
}
location /dicom-web/ {
# 代理請求到 Orthanc
proxy_pass http://orthanc:8042/dicom-web/;
proxy_set_header Host $host;
proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr;
proxy_set_header X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for;
proxy_set_header X-Forwarded-Proto $scheme;
proxy_http_version 1.1;
proxy_set_header Connection "";
proxy_set_header Authorization "Basic b2hpZjpvcnRoYW5j";
proxy_cache_bypass $http_upgrade;
}
}
}
HTTP header 裡的 basic auth 是用 base64 編碼，可以用下列 command 得到：
echo -n ohif:orthanc | base64
這些都設定好後，就可以用 docker-compose up 跑起來，上傳和管理 dicom 檔是透過 http://localhost:8042/ 連到 Orthanc 裡，用設定好的 username/password 登入。
有一個新的介面 http://localhost:8042/ui/app/index.html#/ 比較美麗一點。
看影像就是連到 http://localhost:3000/ 進入 Study List，再點個別 study。如果已經確定要 show 某個 study，把 url copy 下來就可以直連了。我的作法是在投影片裡建一個超連結，點一下就可以快速開始看影像。
另外注意的是，docker-compose up 起來後，如果直接 Ctrl+C 關掉，container 只是被 stop 了，不會刪掉，有時候設定改了卻沒作用，要注意是不是這個原因，要用 docker rm 把 container 刪掉。也可以強制每次都建新的 container，在 up 時加 --force-recreate，或是用 -d 放到背景執行，之後用 docker-compose down 停止時，就會刪掉了。
未克服的問題
OHIF 的設定檔感覺可以設定 default hotkey, 試著改卻沒作用，但影響不大，就不再細就了。
缺點
這種方式還有一個前提是要能從主 PACS 匯出 DICOM 影像，而不是從螢幕截圖的 JPEG/PNG 檔。
影像如果沒有整理好，例如有很多 series 是不重要沒有要 show 的，可能會忘記跳過，present 起來很亂，浪費聽眾時間。而且 OHIF 預設的排序也不太正確，要多點一下排序的按扭。
另外要注意個資匿名化的問題，OHIF 預設版面是看不到病患資料，但跳回影像清單還是看得到，最好在從主要 PACS export 出來時就做好匿名化。